Masna spektrometrija (MS) je analitska tehnika, pri kateri se predhodno ionizirane kemijske spojine razvrstijo glede na njihovo razmerje med maso in nabojem. Preprosto povedano, masni spekter meri maso spojin v vzorcu. Masna spektrometrija se uporablja na različnih področjih analitike tako čistih vzorcev, kot tudi kompleksnih spojin. Rezultat analize je masni spekter.
Masni spekter prikazuje ionski signal kot funkcijo razmerja masa/naboj (m/z). Takšni spektri se uporabljajo za določanje elementarnega ali izotopnega odtisa vzorca, mase delcev in molekul ter za razjasnitev kemijskih struktur molekul, kot so peptidi in druge kemične spojine.
