Tako imenovani »Single Quad« sistemi vsebujejo le en kvadrupol za filtriranje mase, medtem ko sta sistema »Tandem Quad« ali »Triple Quad« sestavljena iz treh kvadrupolov. Q1 in Q3 delujeta kot masna filtra, Q2 pa deluje kot kolizijska celica.

Kvadrupoli se lahko uporabljajo v načinu skeniranja ali filtriranja. Med skeniranjem mase se enosmerne in RF napetosti povečajo, kar ima za posledico popoln spekter masnih podatkov. Takšni spektri se običajno uporabljajo za kvalitativno analizo podatkov. Kljub temu pa kvadrupolno skeniranje povzroči nizko občutljivost in počasno hitrost skeniranja, zato se kvantitativne analize izvajajo s kvadrupoli, ki delujejo v načinu filtriranja.